反渗透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面结垢，膜面堵塞；或是膜本身的物理化学变化而引起的。物理变化主要是由于压实效应引起膜的透水率下降；化学变化主要是由于PH值的波动而引起的，如使醋酸纤维素膜水解；游离氯也会使芳香聚酰胺膜性能恶化。

 反渗透膜污染堵塞的主要原因是由于膜 面沉积和微生物的滋长而引起的。其中微生物不仅堵塞膜，并对醋酸纤维素有侵蚀损害作用。因此，在膜内必须保持一定的余氯量，但是余氯太高，又会引起膜性能下降，故在醋酸纤素膜前保持余氯0.1~0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。反渗透膜的清洗处理是一个细致而又烦杂的工作，且多次清洗膜易损坏。为了减轻清洗工作，必须要搞好前置预处理，严格把好水质关。

 处理方法是：定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L质量浓度的新洁尔灭循环清洗处理至少1h。已经污染的膜要用2%柠檬酸铵溶液 （PH=4~8）进行清洗，或用亚硫酸氢钠、六偏磷酸钠、稀盐酸等来防止锰、铁及碳酸盐的结垢。有时也用酶洗涤剂对有机物进行清洗。清洗压力控制在 0.34~0.98Mpa（3.5~10kgf/cm²），清洗流速为原来水处理流速的2~3倍。

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